Dvadesetak dana nakon što je počela pisati dnevnik, Anna Frank morala se sakriti sa svojom obitelji u skriveni dio jedne kuće u Amsterdamu. Tamo su potajice živjeli 2 godine i 1 mjesec prije nego što ih je netko izdao njemačkoj policiji. Nikad se nije saznalo tko je bio izdajica. Uhićeni su i gotovo cijela obitelj je stradala.

Anna Frank deportirana je s majkom i sestrom u Auschwitz. Sva djeca ispod 15 godina u Auschwitzu su odmah poslana u plinske komore, no Anna je imala sreću da je tri mjeseca prije napunila 15, pa nije odmah ubijena, nego je poslana na prisilni rad. Kasnije je iz Auschwitza sa sestrom preseljena u logor Bergen-Belsen u sjevernoj Njemačkoj. Tamo su obje umrle od tifusa svega tri tjedna prije nego su Britanci oslobodili logor. Pretpostavlja se da je u Bergen-Belsenu u zadnjim mjesecima rata zbog loših uvjeta oko 35.000 zatvorenika umrlo od tifusa. Iz njenog dnevnika poznata je rečenica: “Vjerujem da su čak i loši ljudi uistinu dobri u srcu.”